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然而不久后将绝对下线!领先是页面大更新

发布日期:2024-06-26 15:26    点击次数:110


然而不久后将绝对下线!领先是页面大更新

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TCGA官网在2024年2月8号发布了紧要更新,此次更新是自2016年GDC data portal上线以来最大的更新了,平直更新到了2.0,界面和使用姿首十足不同样了!旧版页面当前(2024.2.12)还能走访,然而不久后将绝对下线!

领先是页面大更新,全新的使用界面:

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新版界面

此次更新最大的改动是袭取了以部队为中心的责任历程, 首页-信盛宝机场有限公司用户可以我方聘用念念要分析的数据,首页-湖昌艾染料有限公司也即是构建我方的部队。之前所以program为中心的, 广东星鹏实业有限公司比如TCGA-COAD这种。

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当前领先要通过Cohort Builder聘用我方念念要分析的部队,然后可以对这个部队进行多样分析。新版TCGA还增多了很多新的分析器用,民众可以自行探索。

新的责任历程:

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数据下载

假如咱们念念要下载TCGA-COAD的转录组基因抒发数据,在新页面需要这么作念:

先到Cohort Builder聘用你的部队:TCGA-COAD:

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然后再到Respository中聘用你的数据类型,美容健身临了加入购物车即可:

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临了到购物车下载即可。

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便捷下载姿首

虽然是通过easyTCGA下载了!当前如故能用。

装置姿首:

# 先装置依赖包# 装置bioconductor上头的R包# 领先要改镜像,底下是清华的镜像,无意会有问题,可鼎新其他镜像试试(我方百度下喽~)options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")if(!require("TCGAbiolinks")) BiocManager::install("TCGAbiolinks")if(!require("SummarizedExperiment")) BiocManager::install("SummarizedExperiment")if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR")if(!require("limma")) BiocManager::install("limma")# 装置cran上头的R包if(!require("survival")) install.packages("survival")if(!require("broom")) install.packages("broom")if(!require("devtools")) install.packages("devtools")if(!require("reshape2")) install.packages("reshape2")if(!require("data.table")) install.packages("data.table")if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")# 再装置easyTCGAdevtools::install_github("ayueme/easyTCGA")

比如下载以上数据,只需要1行代码即可完成:

getmrnaexpr("TCGA-COAD")

下载的数据和官方十足一致,况且会自动进行整理,帮你把mRNA和lncRNA分开,并分袂整理成tpm、fpkm、count矩阵,还会自动给你整理多样临床信息,若是你的网罗没问题,只需要几分钟就可以得回以下数据:

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更多的细节和使用姿首,民众可以去github不雅看:https://github.com/ayueme/easyTCGA

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